Ситуация изменилась только после 313 года, с принятием Миланского эдикта о веротерпимости императоров Константина и Лициния, который предоставил христианам право на свободу вероисповедания.
Строительство баптистерия Св. Стефана у источников (Santo Stefano alle Fonti) началось в том же 313 году. Он являлся самой древней частью строившегося на протяжении всего IV века миланского епископского комплекса. Этот комплекс начал возводиться епископом Мироклем по просьбе равноап. Константина Великого и располагался на территории современного Дуомо и площади перед ним.
Баптистерий Санто-Стефано-алле-Фонти был расположен на месте северной ризницы современного Дуомо и был снесен в 1386 году при строительстве Миланского собора. На протяжении почти всего IV века он был главным баптистерием Милана, пока в 378-397 году не был построен второй баптистерий, Сан-Джованни-алле-Фонти. В 374 г. в нем крестился свят. Амвросий Медиоланский.
На сегодня от этого баптистерия остался только восьмиугольный бассейн, в котором проводились крещения, некогда облицованный мраморными плитами.