Церковь св. Кельсия находится на месте древнего кладбища Кампо деи Тре Мори, где в 396 году свят. Амвросий Медиоланский обрел мощи свв. мучеников Назария и Кельсия. На месте могилы св. Кельсия св. Амвросий построил маленькую часовню, в алтаре которой поместил саркофаг с телом мученика. Затем он велел написать изображение Богородицы с Младенцем на каменной стелле и поместил ее в нише за саркофагом.
Св. мученик Кельсий и, особенно, образ Богородицы с Младенцем, воздвигнутый св. Амвросием в часовне св. Кельсия, настолько почитался верующими, что в 992 году, шестьсот лет спустя, архиепископ Ландольфо II построил на месте первоначальной часовни монастырь св. Кельсия, включив в монастырский храм саркофаг с мощами св. Кельсия и стеллу с образом Пресвятой Богородицы. Колокольня храма восходит к XI веку.
В конце XVIII века фасад храма X века был снесен, новый кирпичный фасад был перестроен в XIX веке в неороманском стиле; украшен окном-розой и романским порталом с зооморфными изображениями. Внутри церковь состоит из трех коротких двухпролетных нефов с крестовой крышей. Центральному нефу соответствует полукруглая апсида с простым каменным алтарем.
В левом алтаре храма св. Кельсия находилась статуя Успения Пресвятой Богородицы, которой молодые миланские супруги на протяжении многих веков по традиции сразу после празднования свадьбы приносили букеты цветов.
Строительство рядом с храмом св. Кельсия еще одного храма, более обширного, известного сегодня как базилика Santa Maria presso San Celso, было вызвано чудесным событием, произошедшим во время эпидемии чумы в конце 15 века.
Утром в пятницу 30 декабря 1485 года, во время богослужения в храме св. Кельсия, перед глазами многочисленных верующих приподнялось покрывало, закрывавшее изображение Богородицы с Младенцем на каменной стелле, и Божья Матерь просияла ослепительным светом, подняла Богомладенца и протянула вперед для почитания верных.
После этого чуда с «невероятной скоростью» чума, четыре года мучившая Милан и унесшая жизни более пятидесяти тысяч граждан, окончилась. 1 апреля 1486 года, после заслушивания многочисленных свидетелей, чьи заявления под присягой были записаны и бережно хранились в архиве Сан-Челсо, миланская курия подтвердила подлинность чудесного события.
Началось возрождение религиозной жизни, что потребовало увеличения первоначальной церкви. По воле городских властей и всего народа было принято решение воздвигнуть новое святилище, достойное великой Защитницы Милана. Для стеллы с изображением Богородицы был сооружен внутри этого нового храма специальный алтарь, где она находится до сих пор. Сюда же в центральный алтарь были перенесены и мощи св. мученика Кельсия.
Новый однонефный храм – Santa Maria dei Miracoli presso San Celso (храм Пресвятой Богородицы Чудес у святого Кельсия) – представляет собой выдающийся образец архитектуры эпохи Возрождения в Милане. Его фасад, начатый Джан Джакомо Дольчебуоно и Джованни Баттаджо в 1493 году, — шедевр итальянского маньеризма.
В начале XVI века, после конкурса, выигранного в 1505 году Кристофором Солари, был добавлен атриум, окруженный классическим четырехсторонним портиком, а также амбулаторий, окружающий пресвитерий. Амбулаторий был украшен серией полотен выдающихся ломбардских художников эпохи Возрождения и барокко, в том числе Джованни Баттиста Креспи, Камилло и Джулио Чезаре Прокаччини, Бергоньоне и др.
Храм увенчивает восьмиугольный купол, покрытый снаружи фонарем с аркадной лоджией, украшенной двенадцатью терракотовыми статуями Агостино Фондули в соответствии с архитектурной традицией Ломбардии.